最近釣魚島緊張局勢不斷升溫，臺灣為譴責抗議日方購買釣魚島行為，召回臺北駐日經濟文化代表處代表沈斯淳，讓外界猜測將影響臺灣和日本的經濟合作。而最新報導顯示，臺灣和日本簽署了臺日產業合作備忘錄，表示雙方的太陽能等產業的合作將不受釣魚島爭端影響而繼續。

臺日雙方將在年底前洽簽臺日產業合作備忘錄，針對研發設計、市場行銷、生產制造、事業經營等4面向深化合作，包括太陽能光電、LED、數碼內容、精密機械等，原則上鎖定日本強、并與我產業有上下游合作關系的產業，列為臺日合作重點產業。這是2011年9月臺灣與日本簽署臺日投資協議后，雙方簽署的第2項官方協議。